И двете означават "Тя не е тук", но фокусът е различен.
При "She is gone" наблягаме на факта, че тя не е физически в момента на това място където сме. Това може да означава, че е заминала, но често се ползва и за да кажем, че тя е починала.
При "She has gone" наблягаме на действието, че тя си е тръгнала от това място, като обикновено това се е случило скоро.